Completion of code

.~lock.Schrick-Noah_CS-6643_Lab1-Report.doc#

@@ -0,0 +1 @@
+,noah,NovaArchSys,06.09.2022 17:52,file:///home/noah/.config/libreoffice/4;

README.md

@@ -9,7 +9,7 @@ d)  Use the == logic operator and other R functions on your my.dna variable to d
 e)  Confirm your answer in d with the table(my.dna). From the output of table, create a pie chart and barplot. Add x and y labels to your barplot.  
 f)  Use the sample function with the option prob=c(.1,.4,.4,.1)to create a vector with variable name my.dna2 that consists of 20 non-uniformly random letters “A”, “C”, “G”, and “T”.  Use table to show the nucleotide counts.  
 
-## Part B: NCBI Search
+## Part B - NCBI Search
 
 ### Setup  
 
@@ -21,7 +21,7 @@ a)  What is the name of the gene?
 b)  What chromosome is the gene on?  
 c)  What species has the most similar gene to the human version?  
 
-## Part C: Reading fasta files, nucleotide and dinucleotide frequencies
+## Part C - Reading fasta files, nucleotide and dinucleotide frequencies
 
 ### Setup
 
@@ -39,13 +39,13 @@ e)  How many of each nucleotide are there in the sequence?
 f)  Create a barplot of the counts, including axes labels  
 g)  Calculate the probability of each nucleotide  
 
-## Part D: GC Content
+## Part D - GC Content
 
 a)  Add code to your R script to calculate the G+C content of the fasta vector  
 b)  How many gc pairs are there?  
 c)  Show a barplot of all dinucleotide counts  
 
-## Part E: Coronavirus
+## Part E - Coronavirus
 
 ### Setup  
 Paper: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32015508  

Schrick-Noah_CS-6643_Lab1.R

@@ -3,6 +3,9 @@
 # Professor: Dr. McKinney, Fall 2022
 # Noah L. Schrick - 1492657
 
+## Set Working Directory to file directory - RStudio approach
+setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))
+
 #### Part A: Seq Function
 ## a
 AAvec <- seq(from = 1, to = 33, by = 2)
@@ -49,17 +52,96 @@ my.dna2.table
 #### Part C: Reading fasta files, nucelotide and dinucleotide frequencies
 
 ## Pre-cursor: Load associated supportive libraries
+if (!require("seqinr")) install.packages("seqinr")
+library(seqinr)
 
-## 1
+## Load in the fasta file as a string
+myfasta <- read.fasta(file="apoe.fasta", as.string= TRUE)
 
-## 2
+## a
+class(myfasta)
 
-## 3
+## b
+fasta2vec <- function(fasta.file){
+  if (!require("seqinr")) install.packages("seqinr")
+  library(seqinr)
+  fasta <- read.fasta(file=fasta.file, as.string= TRUE)
+  fasta.string <- fasta[[1]][1]
+  fasta.list <- strsplit(fasta.string,"")
+  fasta.vec <- unlist(fasta.list)
+  
+}
+
+fasta.vec <- fasta2vec("apoe.fasta")
+
+## c
+fasta.len <- length(fasta.vec)
+
+## d
+fasta.vec[1:20]
+
+## e
+fasta.table <- table(fasta.vec)
+
+## f
+fasta.cols <- rainbow(nrow(fasta.table))
+
+fasta.bp <- barplot(as.matrix(fasta.table), beside = TRUE, xlab = "Letter", 
+              ylab = "Frequency", ylim = c(-0.25*max(as.numeric(fasta.table)),
+                                           1.25*max(as.numeric(fasta.table))),
+              main = "Bar Plot Representation of APOE Nucelotides", 
+              col = fasta.cols, legend = TRUE)
+
+text(x = fasta.bp, y = 1.1*fasta.table, labels = as.numeric(fasta.table))
+text(x = fasta.bp, y = -0.10*max(as.numeric(fasta.table)), labels = names(fasta.table))
+
+## g
+fasta.nuc_prob <- fasta.table/fasta.len
 
 #### Part D: GC Content
 
-## 1
+## a
+fasta.gc <- (sum(fasta.vec=="g") + sum(fasta.vec=="c"))/fasta.len
+# Verify:
+fasta.gc == GC(fasta.vec)
+
+## b
+fasta.pairs <- seqinr::count(fasta.vec,2)
+fasta.pairs.gc <- fasta.pairs['gc']
+
+## c
+fasta.pairs.cols <- rainbow(nrow(fasta.pairs))
+
+fasta.pairs.bp <- barplot(as.matrix(fasta.pairs), beside = TRUE, xlab = "Pairs", 
+                    ylab = "Frequency", 
+                    ylim = c(-0.25*max(as.numeric(fasta.pairs)),
+                              1.25*max(as.numeric(fasta.pairs))),
+                    main = "Bar Plot Representation of APOE Nucelotide Pairs", 
+                    col = fasta.pairs.cols)
+
+text(x = fasta.pairs.bp, y = 1.1*fasta.pairs, labels = as.numeric(fasta.pairs))
+text(x = fasta.pairs.bp, y = -0.10*max(as.numeric(fasta.pairs)), 
+     labels = names(fasta.pairs))
 
 #### Part E: Coronavirus
 
-## 1
+## a
+covid.vec  <- fasta2vec("covid.fasta")
+covid.table <- table(covid.vec)
+covid.nuc_prob <- covid.table / length(covid.vec)
+
+compare.bind <- rbind(fasta.nuc_prob, covid.nuc_prob)
+
+compare.bp <- barplot(as.matrix(compare.bind), beside = TRUE, 
+                          xlab = "Nucelotide", 
+                          ylab = "Probability", 
+                          ylim = c(-0.0,
+                                   1.25*max(c(fasta.nuc_prob, covid.nuc_prob))),
+                          main = "Bar Plot Representation and Comparison of APOE to COVID Nucleotide Probabilities",
+                          legend = TRUE)
+
+ycords = 1.03*c(rbind(as.vector(fasta.nuc_prob), as.vector(covid.nuc_prob)))
+tlabs = c(rbind(as.vector(fasta.nuc_prob), as.vector(covid.nuc_prob)))
+text(x = compare.bp, y = ycords,
+     labels = round(as.numeric(tlabs), digits = 3))
+

apoe.fasta

@@ -0,0 +1,54 @@
+>NC_000019.10:44905796-44909393 Homo sapiens chromosome 19, GRCh38.p14 Primary Assembly
+CTACTCAGCCCCAGCGGAGGTGAAGGACGTCCTTCCCCAGGAGCCGGTGAGAAGCGCAGTCGGGGGCACG
+GGGATGAGCTCAGGGGCCTCTAGAAAGAGCTGGGACCCTGGGAACCCCTGGCCTCCAGGTAGTCTCAGGA
+GAGCTACTCGGGGTCGGGCTTGGGGAGAGGAGGAGCGGGGGTGAGGCAAGCAGCAGGGGACTGGACCTGG
+GAAGGGCTGGGCAGCAGAGACGACCCGACCCGCTAGAAGGTGGGGTGGGGAGAGCAGCTGGACTGGGATG
+TAAGCCATAGCAGGACTCCACGAGTTGTCACTATCATTTATCGAGCACCTACTGGGTGTCCCCAGTGTCC
+TCAGATCTCCATAACTGGGGAGCCAGGGGCAGCGACACGGTAGCTAGCCGTCGATTGGAGAACTTTAAAA
+TGAGGACTGAATTAGCTCATAAATGGAACACGGCGCTTAACTGTGAGGTTGGAGCTTAGAATGTGAAGGG
+AGAATGAGGAATGCGAGACTGGGACTGAGATGGAACCGGCGGTGGGGAGGGGGTGGGGGGATGGAATTTG
+AACCCCGGGAGAGGAAGATGGAATTTTCTATGGAGGCCGACCTGGGGATGGGGAGATAAGAGAAGACCAG
+GAGGGAGTTAAATAGGGAATGGGTTGGGGGCGGCTTGGTAAATGTGCTGGGATTAGGCTGTTGCAGATAA
+TGCAACAAGGCTTGGAAGGCTAACCTGGGGTGAGGCCGGGTTGGGGCCGGGCTGGGGGTGGGAGGAGTCC
+TCACTGGCGGTTGATTGACAGTTTCTCCTTCCCCAGACTGGCCAATCACAGGCAGGAAGATGAAGGTTCT
+GTGGGCTGCGTTGCTGGTCACATTCCTGGCAGGTATGGGGGCGGGGCTTGCTCGGTTCCCCCCGCTCCTC
+CCCCTCTCATCCTCACCTCAACCTCCTGGCCCCATTCAGGCAGACCCTGGGCCCCCTCTTCTGAGGCTTC
+TGTGCTGCTTCCTGGCTCTGAACAGCGATTTGACGCTCTCTGGGCCTCGGTTTCCCCCATCCTTGAGATA
+GGAGTTAGAAGTTGTTTTGTTGTTGTTGTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTTTTGAGATGAAGTCTCGCTC
+TGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTCCACGCCA
+TTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACATGCCACCACACCCGACTAACTTTTTTG
+TATTTTCAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCT
+GCCCGTTTCGATCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGCTGGGAGTTAGAGGT
+TTCTAATGCATTGCAGGCAGATAGTGAATACCAGACACGGGGCAGCTGTGATCTTTATTCTCCATCACCC
+CCACACAGCCCTGCCTGGGGCACACAAGGACACTCAATACATGCTTTTCCGCTGGGCGCGGTGGCTCACC
+CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTCAACACCAGCCT
+GGGCAACATAGTGAGACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGCCACACACCTGT
+GCTCTCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAGAAGGTCAAGGTTGCAGTGAACC
+ATGTTCAGGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACCCTGTTTATAAATACATAATGCTTTCC
+AAGTGATTAAACCGACTCCCCCCTCACCCTGCCCACCATGGCTCCAAAGAAGCATTTGTGGAGCACCTTC
+TGTGTGCCCCTAGGTACTAGATGCCTGGACGGGGTCAGAAGGACCCTGACCCACCTTGAACTTGTTCCAC
+ACAGGATGCCAGGCCAAGGTGGAGCAAGCGGTGGAGACAGAGCCGGAGCCCGAGCTGCGCCAGCAGACCG
+AGTGGCAGAGCGGCCAGCGCTGGGAACTGGCACTGGGTCGCTTTTGGGATTACCTGCGCTGGGTGCAGAC
+ACTGTCTGAGCAGGTGCAGGAGGAGCTGCTCAGCTCCCAGGTCACCCAGGAACTGAGGTGAGTGTCCCCA
+TCCTGGCCCTTGACCCTCCTGGTGGGCGGCTATACCTCCCCAGGTCCAGGTTTCATTCTGCCCCTGTCGC
+TAAGTCTTGGGGGGCCTGGGTCTCTGCTGGTTCTAGCTTCCTCTTCCCATTTCTGACTCCTGGCTTTAGC
+TCTCTGGAATTCTCTCTCTCAGCTTTGTCTCTCTCTCTTCCCTTCTGACTCAGTCTCTCACACTCGTCCT
+GGCTCTGTCTCTGTCCTTCCCTAGCTCTTTTATATAGAGACAGAGAGATGGGGTCTCACTGTGTTGCCCA
+GGCTGGTCTTGAACTTCTGGGCTCAAGCGATCCTCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTAGAGGC
+ATGAGCCACCTTGCCCGGCCTCCTAGCTCCTTCTTCGTCTCTGCCTCTGCCCTCTGCATCTGCTCTCTGC
+ATCTGTCTCTGTCTCCTTCTCTCGGCCTCTGCCCCGTTCCTTCTCTCCCTCTTGGGTCTCTCTGGCTCAT
+CCCCATCTCGCCCGCCCCATCCCAGCCCTTCTCCCCGCCTCCCACTGTGCGACACCCTCCCGCCCTCTCG
+GCCGCAGGGCGCTGATGGACGAGACCATGAAGGAGTTGAAGGCCTACAAATCGGAACTGGAGGAACAACT
+GACCCCGGTGGCGGAGGAGACGCGGGCACGGCTGTCCAAGGAGCTGCAGGCGGCGCAGGCCCGGCTGGGC
+GCGGACATGGAGGACGTGTGCGGCCGCCTGGTGCAGTACCGCGGCGAGGTGCAGGCCATGCTCGGCCAGA
+GCACCGAGGAGCTGCGGGTGCGCCTCGCCTCCCACCTGCGCAAGCTGCGTAAGCGGCTCCTCCGCGATGC
+CGATGACCTGCAGAAGCGCCTGGCAGTGTACCAGGCCGGGGCCCGCGAGGGCGCCGAGCGCGGCCTCAGC
+GCCATCCGCGAGCGCCTGGGGCCCCTGGTGGAACAGGGCCGCGTGCGGGCCGCCACTGTGGGCTCCCTGG
+CCGGCCAGCCGCTACAGGAGCGGGCCCAGGCCTGGGGCGAGCGGCTGCGCGCGCGGATGGAGGAGATGGG
+CAGCCGGACCCGCGACCGCCTGGACGAGGTGAAGGAGCAGGTGGCGGAGGTGCGCGCCAAGCTGGAGGAG
+CAGGCCCAGCAGATACGCCTGCAGGCCGAGGCCTTCCAGGCCCGCCTCAAGAGCTGGTTCGAGCCCCTGG
+TGGAAGACATGCAGCGCCAGTGGGCCGGGCTGGTGGAGAAGGTGCAGGCTGCCGTGGGCACCAGCGCCGC
+CCCTGTGCCCAGCGACAATCACTGAACGCCGAAGCCTGCAGCCATGCGACCCCACGCCACCCCGTGCCTC
+CTGCCTCCGCGCAGCCTGCAGCGGGAGACCCTGTCCCCGCCCCAGCCGTCCTCCTGGGGTGGACCCTAGT
+TTAATAAAGATTCACCAAGTTTCACGCA
+

covid.fasta

@@ -0,0 +1,430 @@
+>MN908947.3 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome
+ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA
+CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC
+TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG
+TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC
+CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC
+GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG
+CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT
+GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC
+GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCT
+TCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTA
+GGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTG
+TTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG
+CCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTG
+TCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTG
+CTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAA
+ATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAA
+CCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCAC
+CAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCA
+GACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACT
+ACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAG
+GACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCG
+CACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCA
+CGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACA
+ACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA
+GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGAT
+TATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAG
+GTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCG
+TGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCC
+GCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTG
+ATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTG
+GCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTT
+AAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAA
+TTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGT
+AAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTA
+GGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCC
+TACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTT
+AACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAA
+GCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGT
+ACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAA
+GGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTT
+GATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAA
+ATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACC
+ACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAA
+TTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAG
+AAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATT
+TGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAA
+CAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTC
+AACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTT
+AAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACA
+GTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTA
+CTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAG
+TTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGT
+GAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTAT
+TATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAA
+TGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGT
+GAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTA
+AACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAAC
+TCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCA
+GATTCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTG
+ATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAAT
+GCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAAT
+GGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTA
+TTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGC
+AGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAA
+TATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAA
+CAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTA
+TGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTT
+TCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAG
+AACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACA
+ACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCAC
+CTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTA
+AGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGGACATGTCAATGACATATGGACA
+ACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTACTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGT
+AAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATGACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTG
+ATCCTAGTTTTCTGGGTAGGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAA
+TGGTTTAACTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATCTTGCCACTGCATTGTTAACACTCCAACAA
+ATAGAGTTGAAGTTTAATCCACCTGCTCTACAAGATGCTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTGAAGCTGCTA
+ACTTTTGTGCACTTATCTTAGCCTACTGTAATAAGACAGTAGGTGAGTTAGGTGATGTTAGAGAAACAAT
+GAGTTACTTGTTTCAACATGCCAATTTAGATTCTTGCAAAAGAGTCTTGAACGTGGTGTGTAAAACTTGT
+GGACAACAGCAGACAACCCTTAAGGGTGTAGAAGCTGTTATGTACATGGGCACACTTTCTTATGAACAAT
+TTAAGAAAGGTGTTCAGATACCTTGTACGTGTGGTAAACAAGCTACAAAATATCTAGTACAACAGGAGTC
+ACCTTTTGTTATGATGTCAGCACCACCTGCTCAGTATGAACTTAAGCATGGTACATTTACTTGTGCTAGT
+GAGTACACTGGTAATTACCAGTGTGGTCACTATAAACATATAACTTCTAAAGAAACTTTGTATTGCATAG
+ACGGTGCTTTACTTACAAAGTCCTCAGAATACAAAGGTCCTATTACGGATGTTTTCTACAAAGAAAACAG
+TTACACAACAACCATAAAACCAGTTACTTATAAATTGGATGGTGTTGTTTGTACAGAAATTGACCCTAAG
+TTGGACAATTATTATAAGAAAGACAATTCTTATTTCACAGAGCAACCAATTGATCTTGTACCAAACCAAC
+CATATCCAAACGCAAGCTTCGATAATTTTAAGTTTGTATGTGATAATATCAAATTTGCTGATGATTTAAA
+CCAGTTAACTGGTTATAAGAAACCTGCTTCAAGAGAGCTTAAAGTTACATTTTTCCCTGACTTAAATGGT
+GATGTGGTGGCTATTGATTATAAACACTACACACCCTCTTTTAAGAAAGGAGCTAAATTGTTACATAAAC
+CTATTGTTTGGCATGTTAACAATGCAACTAATAAAGCCACGTATAAACCAAATACCTGGTGTATACGTTG
+TCTTTGGAGCACAAAACCAGTTGAAACATCAAATTCGTTTGATGTACTGAAGTCAGAGGACGCGCAGGGA
+ATGGATAATCTTGCCTGCGAAGATCTAAAACCAGTCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGA
+AAGACGTTCTTGAGTGTAATGTGAAAACTACCGAAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAA
+TAGTTTAAAAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTCTT
+ACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTCATGGTTTAGCTG
+CTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTTTTCTTAACAAAGTTGTTAGTAC
+AACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTTGTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTA
+TTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAAGTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAG
+CAAAGAATACTGTTAAGAGTGTCGGTAAATTTTGTCTAGAGGCTTCATTTAATTATTTGAAGTCACCTAA
+TTTTTCTAAACTGATAAATATTATAATTTGGTTTTTACTATTAAGTGTTTGCCTAGGTTCTTTAATCTAC
+TCAACCGCTGCTTTAGGTGTTTTAATGTCTAATTTAGGCATGCCTTCTTACTGTACTGGTTACAGAGAAG
+GCTATTTGAACTCTACTAATGTCACTATTGCAACCTACTGTACTGGTTCTATACCTTGTAGTGTTTGTCT
+TAGTGGTTTAGATTCTTTAGACACCTATCCTTCTTTAGAAACTATACAAATTACCATTTCATCTTTTAAA
+TGGGATTTAACTGCTTTTGGCTTAGTTGCAGAGTGGTTTTTGGCATATATTCTTTTCACTAGGTTTTTCT
+ATGTACTTGGATTGGCTGCAATCATGCAATTGTTTTTCAGCTATTTTGCAGTACATTTTATTAGTAATTC
+TTGGCTTATGTGGTTAATAATTAATCTTGTACAAATGGCCCCGATTTCAGCTATGGTTAGAATGTACATC
+TTCTTTGCATCATTTTATTATGTATGGAAAAGTTATGTGCATGTTGTAGACGGTTGTAATTCATCAACTT
+GTATGATGTGTTACAAACGTAATAGAGCAACAAGAGTCGAATGTACAACTATTGTTAATGGTGTTAGAAG
+GTCCTTTTATGTCTATGCTAATGGAGGTAAAGGCTTTTGCAAACTACACAATTGGAATTGTGTTAATTGT
+GATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTATTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAGTTTAAAA
+GACCAATAAATCCTACTGACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCA
+TCTTTACTTTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAGAC
+AACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATGGTAAATCAAAAT
+GTGAAGAATCATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTATGTGTCAACCTATACTGTTACT
+AGATCAGGCATTAGTGTCTGATGTTGGTGATAGTGCGGAAGTTGCAGTTAAAATGTTTGATGCTTACGTT
+AATACGTTTTCATCAACTTTTAACGTACCAATGGAAAAACTCAAAACACTAGTTGCAACTGCAGAAGCTG
+AACTTGCAAAGAATGTGTCCTTAGACAATGTCTTATCTACTTTTATTTCAGCAGCTCGGCAAGGGTTTGT
+TGATTCAGATGTAGAAACTAAAGATGTTGTTGAATGTCTTAAATTGTCACATCAATCTGACATAGAAGTT
+ACTGGCGATAGTTGTAATAACTATATGCTCACCTATAACAAAGTTGAAAACATGACACCCCGTGACCTTG
+GTGCTTGTATTGACTGTAGTGCGCGTCATATTAATGCGCAGGTAGCAAAAAGTCACAACATTGCTTTGAT
+ATGGAACGTTAAAGATTTCATGTCATTGTCTGAACAACTACGAAAACAAATACGTAGTGCTGCTAAAAAG
+AATAACTTACCTTTTAAGTTGACATGTGCAACTACTAGACAAGTTGTTAATGTTGTAACAACAAAGATAG
+CACTTAAGGGTGGTAAAATTGTTAATAATTGGTTGAAGCAGTTAATTAAAGTTACACTTGTGTTCCTTTT
+TGTTGCTGCTATTTTCTATTTAATAACACCTGTTCATGTCATGTCTAAACATACTGACTTTTCAAGTGAA
+ATCATAGGATACAAGGCTATTGATGGTGGTGTCACTCGTGACATAGCATCTACAGATACTTGTTTTGCTA
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