diff --git a/.~lock.Schrick-Noah_CS-6643_Lab1-Report.doc# b/.~lock.Schrick-Noah_CS-6643_Lab1-Report.doc# new file mode 100644 index 0000000..afb4326 --- /dev/null +++ b/.~lock.Schrick-Noah_CS-6643_Lab1-Report.doc# @@ -0,0 +1 @@ +,noah,NovaArchSys,06.09.2022 17:52,file:///home/noah/.config/libreoffice/4; \ No newline at end of file diff --git a/README.md b/README.md index a04e870..754ee90 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -9,7 +9,7 @@ d) Use the == logic operator and other R functions on your my.dna variable to d e) Confirm your answer in d with the table(my.dna). From the output of table, create a pie chart and barplot. Add x and y labels to your barplot. f) Use the sample function with the option prob=c(.1,.4,.4,.1)to create a vector with variable name my.dna2 that consists of 20 non-uniformly random letters “A”, “C”, “G”, and “T”. Use table to show the nucleotide counts. -## Part B: NCBI Search +## Part B - NCBI Search ### Setup @@ -21,7 +21,7 @@ a) What is the name of the gene? b) What chromosome is the gene on? c) What species has the most similar gene to the human version? -## Part C: Reading fasta files, nucleotide and dinucleotide frequencies +## Part C - Reading fasta files, nucleotide and dinucleotide frequencies ### Setup @@ -39,13 +39,13 @@ e) How many of each nucleotide are there in the sequence? f) Create a barplot of the counts, including axes labels g) Calculate the probability of each nucleotide -## Part D: GC Content +## Part D - GC Content a) Add code to your R script to calculate the G+C content of the fasta vector b) How many gc pairs are there? c) Show a barplot of all dinucleotide counts -## Part E: Coronavirus +## Part E - Coronavirus ### Setup Paper: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32015508 diff --git a/Schrick-Noah_CS-6643_Lab1-Report.doc b/Schrick-Noah_CS-6643_Lab1-Report.doc new file mode 100644 index 0000000..ac03910 Binary files /dev/null and b/Schrick-Noah_CS-6643_Lab1-Report.doc differ diff --git a/Schrick-Noah_CS-6643_Lab1.R b/Schrick-Noah_CS-6643_Lab1.R index e7c50b3..96bf23d 100644 --- a/Schrick-Noah_CS-6643_Lab1.R +++ b/Schrick-Noah_CS-6643_Lab1.R @@ -3,6 +3,9 @@ # Professor: Dr. McKinney, Fall 2022 # Noah L. Schrick - 1492657 +## Set Working Directory to file directory - RStudio approach +setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)) + #### Part A: Seq Function ## a AAvec <- seq(from = 1, to = 33, by = 2) @@ -49,17 +52,96 @@ my.dna2.table #### Part C: Reading fasta files, nucelotide and dinucleotide frequencies ## Pre-cursor: Load associated supportive libraries +if (!require("seqinr")) install.packages("seqinr") +library(seqinr) -## 1 +## Load in the fasta file as a string +myfasta <- read.fasta(file="apoe.fasta", as.string= TRUE) -## 2 +## a +class(myfasta) -## 3 +## b +fasta2vec <- function(fasta.file){ + if (!require("seqinr")) install.packages("seqinr") + library(seqinr) + fasta <- read.fasta(file=fasta.file, as.string= TRUE) + fasta.string <- fasta[[1]][1] + fasta.list <- strsplit(fasta.string,"") + fasta.vec <- unlist(fasta.list) + +} + +fasta.vec <- fasta2vec("apoe.fasta") + +## c +fasta.len <- length(fasta.vec) + +## d +fasta.vec[1:20] + +## e +fasta.table <- table(fasta.vec) + +## f +fasta.cols <- rainbow(nrow(fasta.table)) + +fasta.bp <- barplot(as.matrix(fasta.table), beside = TRUE, xlab = "Letter", + ylab = "Frequency", ylim = c(-0.25*max(as.numeric(fasta.table)), + 1.25*max(as.numeric(fasta.table))), + main = "Bar Plot Representation of APOE Nucelotides", + col = fasta.cols, legend = TRUE) + +text(x = fasta.bp, y = 1.1*fasta.table, labels = as.numeric(fasta.table)) +text(x = fasta.bp, y = -0.10*max(as.numeric(fasta.table)), labels = names(fasta.table)) + +## g +fasta.nuc_prob <- fasta.table/fasta.len #### Part D: GC Content -## 1 +## a +fasta.gc <- (sum(fasta.vec=="g") + sum(fasta.vec=="c"))/fasta.len +# Verify: +fasta.gc == GC(fasta.vec) + +## b +fasta.pairs <- seqinr::count(fasta.vec,2) +fasta.pairs.gc <- fasta.pairs['gc'] + +## c +fasta.pairs.cols <- rainbow(nrow(fasta.pairs)) + +fasta.pairs.bp <- barplot(as.matrix(fasta.pairs), beside = TRUE, xlab = "Pairs", + ylab = "Frequency", + ylim = c(-0.25*max(as.numeric(fasta.pairs)), + 1.25*max(as.numeric(fasta.pairs))), + main = "Bar Plot Representation of APOE Nucelotide Pairs", + col = fasta.pairs.cols) + +text(x = fasta.pairs.bp, y = 1.1*fasta.pairs, labels = as.numeric(fasta.pairs)) +text(x = fasta.pairs.bp, y = -0.10*max(as.numeric(fasta.pairs)), + labels = names(fasta.pairs)) #### Part E: Coronavirus -## 1 +## a +covid.vec <- fasta2vec("covid.fasta") +covid.table <- table(covid.vec) +covid.nuc_prob <- covid.table / length(covid.vec) + +compare.bind <- rbind(fasta.nuc_prob, covid.nuc_prob) + +compare.bp <- barplot(as.matrix(compare.bind), beside = TRUE, + xlab = "Nucelotide", + ylab = "Probability", + ylim = c(-0.0, + 1.25*max(c(fasta.nuc_prob, covid.nuc_prob))), + main = "Bar Plot Representation and Comparison of APOE to COVID Nucleotide Probabilities", + legend = TRUE) + +ycords = 1.03*c(rbind(as.vector(fasta.nuc_prob), as.vector(covid.nuc_prob))) +tlabs = c(rbind(as.vector(fasta.nuc_prob), as.vector(covid.nuc_prob))) +text(x = compare.bp, y = ycords, + labels = round(as.numeric(tlabs), digits = 3)) + diff --git a/apoe.fasta b/apoe.fasta new file mode 100644 index 0000000..82b1eaa --- /dev/null +++ b/apoe.fasta @@ -0,0 +1,54 @@ +>NC_000019.10:44905796-44909393 Homo sapiens chromosome 19, GRCh38.p14 Primary Assembly +CTACTCAGCCCCAGCGGAGGTGAAGGACGTCCTTCCCCAGGAGCCGGTGAGAAGCGCAGTCGGGGGCACG +GGGATGAGCTCAGGGGCCTCTAGAAAGAGCTGGGACCCTGGGAACCCCTGGCCTCCAGGTAGTCTCAGGA +GAGCTACTCGGGGTCGGGCTTGGGGAGAGGAGGAGCGGGGGTGAGGCAAGCAGCAGGGGACTGGACCTGG +GAAGGGCTGGGCAGCAGAGACGACCCGACCCGCTAGAAGGTGGGGTGGGGAGAGCAGCTGGACTGGGATG +TAAGCCATAGCAGGACTCCACGAGTTGTCACTATCATTTATCGAGCACCTACTGGGTGTCCCCAGTGTCC +TCAGATCTCCATAACTGGGGAGCCAGGGGCAGCGACACGGTAGCTAGCCGTCGATTGGAGAACTTTAAAA +TGAGGACTGAATTAGCTCATAAATGGAACACGGCGCTTAACTGTGAGGTTGGAGCTTAGAATGTGAAGGG +AGAATGAGGAATGCGAGACTGGGACTGAGATGGAACCGGCGGTGGGGAGGGGGTGGGGGGATGGAATTTG +AACCCCGGGAGAGGAAGATGGAATTTTCTATGGAGGCCGACCTGGGGATGGGGAGATAAGAGAAGACCAG +GAGGGAGTTAAATAGGGAATGGGTTGGGGGCGGCTTGGTAAATGTGCTGGGATTAGGCTGTTGCAGATAA +TGCAACAAGGCTTGGAAGGCTAACCTGGGGTGAGGCCGGGTTGGGGCCGGGCTGGGGGTGGGAGGAGTCC +TCACTGGCGGTTGATTGACAGTTTCTCCTTCCCCAGACTGGCCAATCACAGGCAGGAAGATGAAGGTTCT +GTGGGCTGCGTTGCTGGTCACATTCCTGGCAGGTATGGGGGCGGGGCTTGCTCGGTTCCCCCCGCTCCTC +CCCCTCTCATCCTCACCTCAACCTCCTGGCCCCATTCAGGCAGACCCTGGGCCCCCTCTTCTGAGGCTTC +TGTGCTGCTTCCTGGCTCTGAACAGCGATTTGACGCTCTCTGGGCCTCGGTTTCCCCCATCCTTGAGATA +GGAGTTAGAAGTTGTTTTGTTGTTGTTGTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTTTTGAGATGAAGTCTCGCTC +TGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTCCACGCCA +TTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACATGCCACCACACCCGACTAACTTTTTTG +TATTTTCAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCT +GCCCGTTTCGATCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGCTGGGAGTTAGAGGT +TTCTAATGCATTGCAGGCAGATAGTGAATACCAGACACGGGGCAGCTGTGATCTTTATTCTCCATCACCC +CCACACAGCCCTGCCTGGGGCACACAAGGACACTCAATACATGCTTTTCCGCTGGGCGCGGTGGCTCACC +CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTCAACACCAGCCT +GGGCAACATAGTGAGACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGCCACACACCTGT +GCTCTCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAGAAGGTCAAGGTTGCAGTGAACC +ATGTTCAGGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACCCTGTTTATAAATACATAATGCTTTCC +AAGTGATTAAACCGACTCCCCCCTCACCCTGCCCACCATGGCTCCAAAGAAGCATTTGTGGAGCACCTTC +TGTGTGCCCCTAGGTACTAGATGCCTGGACGGGGTCAGAAGGACCCTGACCCACCTTGAACTTGTTCCAC +ACAGGATGCCAGGCCAAGGTGGAGCAAGCGGTGGAGACAGAGCCGGAGCCCGAGCTGCGCCAGCAGACCG +AGTGGCAGAGCGGCCAGCGCTGGGAACTGGCACTGGGTCGCTTTTGGGATTACCTGCGCTGGGTGCAGAC +ACTGTCTGAGCAGGTGCAGGAGGAGCTGCTCAGCTCCCAGGTCACCCAGGAACTGAGGTGAGTGTCCCCA +TCCTGGCCCTTGACCCTCCTGGTGGGCGGCTATACCTCCCCAGGTCCAGGTTTCATTCTGCCCCTGTCGC +TAAGTCTTGGGGGGCCTGGGTCTCTGCTGGTTCTAGCTTCCTCTTCCCATTTCTGACTCCTGGCTTTAGC +TCTCTGGAATTCTCTCTCTCAGCTTTGTCTCTCTCTCTTCCCTTCTGACTCAGTCTCTCACACTCGTCCT +GGCTCTGTCTCTGTCCTTCCCTAGCTCTTTTATATAGAGACAGAGAGATGGGGTCTCACTGTGTTGCCCA +GGCTGGTCTTGAACTTCTGGGCTCAAGCGATCCTCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTAGAGGC +ATGAGCCACCTTGCCCGGCCTCCTAGCTCCTTCTTCGTCTCTGCCTCTGCCCTCTGCATCTGCTCTCTGC +ATCTGTCTCTGTCTCCTTCTCTCGGCCTCTGCCCCGTTCCTTCTCTCCCTCTTGGGTCTCTCTGGCTCAT +CCCCATCTCGCCCGCCCCATCCCAGCCCTTCTCCCCGCCTCCCACTGTGCGACACCCTCCCGCCCTCTCG +GCCGCAGGGCGCTGATGGACGAGACCATGAAGGAGTTGAAGGCCTACAAATCGGAACTGGAGGAACAACT +GACCCCGGTGGCGGAGGAGACGCGGGCACGGCTGTCCAAGGAGCTGCAGGCGGCGCAGGCCCGGCTGGGC +GCGGACATGGAGGACGTGTGCGGCCGCCTGGTGCAGTACCGCGGCGAGGTGCAGGCCATGCTCGGCCAGA +GCACCGAGGAGCTGCGGGTGCGCCTCGCCTCCCACCTGCGCAAGCTGCGTAAGCGGCTCCTCCGCGATGC +CGATGACCTGCAGAAGCGCCTGGCAGTGTACCAGGCCGGGGCCCGCGAGGGCGCCGAGCGCGGCCTCAGC +GCCATCCGCGAGCGCCTGGGGCCCCTGGTGGAACAGGGCCGCGTGCGGGCCGCCACTGTGGGCTCCCTGG +CCGGCCAGCCGCTACAGGAGCGGGCCCAGGCCTGGGGCGAGCGGCTGCGCGCGCGGATGGAGGAGATGGG +CAGCCGGACCCGCGACCGCCTGGACGAGGTGAAGGAGCAGGTGGCGGAGGTGCGCGCCAAGCTGGAGGAG +CAGGCCCAGCAGATACGCCTGCAGGCCGAGGCCTTCCAGGCCCGCCTCAAGAGCTGGTTCGAGCCCCTGG +TGGAAGACATGCAGCGCCAGTGGGCCGGGCTGGTGGAGAAGGTGCAGGCTGCCGTGGGCACCAGCGCCGC +CCCTGTGCCCAGCGACAATCACTGAACGCCGAAGCCTGCAGCCATGCGACCCCACGCCACCCCGTGCCTC +CTGCCTCCGCGCAGCCTGCAGCGGGAGACCCTGTCCCCGCCCCAGCCGTCCTCCTGGGGTGGACCCTAGT +TTAATAAAGATTCACCAAGTTTCACGCA + diff --git a/covid.fasta b/covid.fasta new file mode 100644 index 0000000..c92695d --- /dev/null +++ b/covid.fasta @@ -0,0 +1,430 @@ +>MN908947.3 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome +ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA +CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC +TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG +TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC +CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC +GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG +CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT +GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC +GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCT +TCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTA +GGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTG +TTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG +CCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTG +TCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTG +CTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAA +ATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAA +CCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCAC +CAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCA +GACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACT +ACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAG +GACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCG +CACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCA +CGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACA +ACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA +GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGAT +TATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAG +GTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCG +TGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCC +GCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTG +ATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTG +GCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTT +AAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAA +TTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGT +AAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTA +GGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCC +TACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTT +AACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAA +GCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGT +ACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAA +GGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTT +GATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAA +ATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACC +ACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAA +TTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAG +AAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATT +TGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAA +CAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTC +AACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTT +AAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACA +GTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTA +CTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAG +TTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGT +GAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTAT +TATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAA +TGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGT +GAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTA +AACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAAC +TCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCA +GATTCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTG +ATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAAT +GCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAAT +GGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTA +TTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGC +AGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAA +TATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAA +CAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTA +TGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTT +TCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAG +AACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACA +ACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCAC +CTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTA +AGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGGACATGTCAATGACATATGGACA +ACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTACTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGT +AAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATGACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTG +ATCCTAGTTTTCTGGGTAGGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAA +TGGTTTAACTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATCTTGCCACTGCATTGTTAACACTCCAACAA +ATAGAGTTGAAGTTTAATCCACCTGCTCTACAAGATGCTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTGAAGCTGCTA +ACTTTTGTGCACTTATCTTAGCCTACTGTAATAAGACAGTAGGTGAGTTAGGTGATGTTAGAGAAACAAT +GAGTTACTTGTTTCAACATGCCAATTTAGATTCTTGCAAAAGAGTCTTGAACGTGGTGTGTAAAACTTGT +GGACAACAGCAGACAACCCTTAAGGGTGTAGAAGCTGTTATGTACATGGGCACACTTTCTTATGAACAAT +TTAAGAAAGGTGTTCAGATACCTTGTACGTGTGGTAAACAAGCTACAAAATATCTAGTACAACAGGAGTC +ACCTTTTGTTATGATGTCAGCACCACCTGCTCAGTATGAACTTAAGCATGGTACATTTACTTGTGCTAGT +GAGTACACTGGTAATTACCAGTGTGGTCACTATAAACATATAACTTCTAAAGAAACTTTGTATTGCATAG +ACGGTGCTTTACTTACAAAGTCCTCAGAATACAAAGGTCCTATTACGGATGTTTTCTACAAAGAAAACAG +TTACACAACAACCATAAAACCAGTTACTTATAAATTGGATGGTGTTGTTTGTACAGAAATTGACCCTAAG +TTGGACAATTATTATAAGAAAGACAATTCTTATTTCACAGAGCAACCAATTGATCTTGTACCAAACCAAC +CATATCCAAACGCAAGCTTCGATAATTTTAAGTTTGTATGTGATAATATCAAATTTGCTGATGATTTAAA +CCAGTTAACTGGTTATAAGAAACCTGCTTCAAGAGAGCTTAAAGTTACATTTTTCCCTGACTTAAATGGT +GATGTGGTGGCTATTGATTATAAACACTACACACCCTCTTTTAAGAAAGGAGCTAAATTGTTACATAAAC +CTATTGTTTGGCATGTTAACAATGCAACTAATAAAGCCACGTATAAACCAAATACCTGGTGTATACGTTG +TCTTTGGAGCACAAAACCAGTTGAAACATCAAATTCGTTTGATGTACTGAAGTCAGAGGACGCGCAGGGA +ATGGATAATCTTGCCTGCGAAGATCTAAAACCAGTCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGA +AAGACGTTCTTGAGTGTAATGTGAAAACTACCGAAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAA +TAGTTTAAAAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTCTT +ACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTCATGGTTTAGCTG +CTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTTTTCTTAACAAAGTTGTTAGTAC +AACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTTGTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTA +TTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAAGTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAG +CAAAGAATACTGTTAAGAGTGTCGGTAAATTTTGTCTAGAGGCTTCATTTAATTATTTGAAGTCACCTAA +TTTTTCTAAACTGATAAATATTATAATTTGGTTTTTACTATTAAGTGTTTGCCTAGGTTCTTTAATCTAC +TCAACCGCTGCTTTAGGTGTTTTAATGTCTAATTTAGGCATGCCTTCTTACTGTACTGGTTACAGAGAAG +GCTATTTGAACTCTACTAATGTCACTATTGCAACCTACTGTACTGGTTCTATACCTTGTAGTGTTTGTCT +TAGTGGTTTAGATTCTTTAGACACCTATCCTTCTTTAGAAACTATACAAATTACCATTTCATCTTTTAAA +TGGGATTTAACTGCTTTTGGCTTAGTTGCAGAGTGGTTTTTGGCATATATTCTTTTCACTAGGTTTTTCT +ATGTACTTGGATTGGCTGCAATCATGCAATTGTTTTTCAGCTATTTTGCAGTACATTTTATTAGTAATTC +TTGGCTTATGTGGTTAATAATTAATCTTGTACAAATGGCCCCGATTTCAGCTATGGTTAGAATGTACATC +TTCTTTGCATCATTTTATTATGTATGGAAAAGTTATGTGCATGTTGTAGACGGTTGTAATTCATCAACTT +GTATGATGTGTTACAAACGTAATAGAGCAACAAGAGTCGAATGTACAACTATTGTTAATGGTGTTAGAAG +GTCCTTTTATGTCTATGCTAATGGAGGTAAAGGCTTTTGCAAACTACACAATTGGAATTGTGTTAATTGT +GATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTATTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAGTTTAAAA +GACCAATAAATCCTACTGACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCA +TCTTTACTTTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAGAC 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